時は西暦2015年、舞台は2000年に起こった南極の氷雪溶解による世界的危機（セカンドインパクト）後の世界。箱根に建設中の計画都市、「第3新東京市」に突如謎の生命体“使徒”が襲来する。人類が彼らに対抗できる唯一の手段は、国際連合直属の特務機関「ネルフ」が極秘に開発した「汎用ヒト型兵器エヴァンゲリオン（EVA）」。そのパイロットに選ばれたのは、14歳の少年少女たちだった。ある日主人公の「碇シンジ」は、ネルフの総司令である父親ゲンドウによってEVA初号機のパイロットに強制的に選任、搭乗を余儀なくされ……

・第3新東京市：箱根、芦ノ湖北岸付近に位置する都市。本作の舞台。
・特務機関NERV（ネルフ）：使徒殲滅を主要任務とする組織。EVAを保有している。本部は第3新東京市の地下空間（ジオフロント）に位置する。
・MAGI（マギ）：ネルフ本部にあるスーパーコンピュータ。
・ゼーレ：ネルフの上部組織。
・セカンドインパクト：2000年9月13日に起きた大災害。公的には大質量隕石の落下が原因だとされている。
・人類補完計画：ネルフとゼーレが極秘で進めている謎の計画。

[エヴァパイロット]
碇シンジ：この作品の主人公。EVA初号機パイロットとして選ばれた「第3の少年」。14歳。
綾波レイ：EVA零号機パイロット。14歳。第1の少女。物静かで、感情を表に出さない。
式波・アスカ・ラングレー：EVA弐号機パイロット。14歳。第2の少女。ドイツ出身。勝気な性格。
真希波・マリ・イラストリアス：『新劇場版：破』から登場。詳細不明の少女。

渚カヲル：月で目覚めた謎の少年。

[NERF（ネルフ）]
碇ゲンドウ：NERF総司令官。シンジの父親。
葛城ミサト：NERV戦闘指揮官でシンジ達の保護者役。
赤木リツコ：NERV技術開発部所属の科学者。EVAの開発及びMAGIの管理運用を担当している。
加持リョウジ：NERV特殊監査部所属。ミサトの元恋人。