トンネルを抜けると、奥行き160m、幅80mの迫力ある九博の建物が出現。最も高い所は高さ36mという特徴的な流線型の屋根は、周囲の山並みと調和するように考えられたデザイン。また、壁面には「ダブルスキンガラス」と呼ばれる特殊な素材が使われていて、周囲の森林が反射し、建物が自然の中に溶け込んでいるかのよう。